Questo piano accoglie la Chiesa, i servizi del Santuario, e i luoghi della vita comune della fraternità francescana. L'area dedicata alla vita comune, nonostante sia al primo piano dell'edificio, è la più prossima al piazzale da cui si accede per mezzo di una solenne scalinata costruita nel 1838. L'ingresso al Santuario e alla chiesa è costituito da un lungo e alto corridoio, da poco restaurato , che fiancheggia il chiostro e termina sul lato occidentale dell'edificio dove si apre la porta della chiesa. Appena entrato, il visitatore trova sul lato destro il Presepio artistico. Nato nel 1967 come stagionale, è diventato uno dei presepi stabili della Capitanata. Il suo autore è Matteo La Sala, giovane sammarchese emigrato in Australia, il quale, tornato nel suo paese natio, venne ospitato per un'estate nel Santuario di S. Matteo, dove lasciò questo prezioso ricordo. Proseguendo, sulla destra si trova il Telonio.
Con questa parola i Frati hanno sempre designato il locale dove si ricevono le prenotazione delle SS. Messe, si benedicono con l'olio i pellegrini, si ricevono le offerte, si vendono i ricordini. La parola Telonio è stata presa in prestito dal Vangelo di S. Matteo dove si indica l'ufficio che il santo occupava quando riceveva le tasse dei contribuenti. Di fronte al Telonio si apre la porta del Santuario. Appena entrati sulla destra un'ampia vetrata mette il visitatore a contatto col cuore del Santuario: il Chiostro , dominato da un grande arco pozzale del sec. XVII. Nel chiostro è stato allestito il presepio litico, con pietre naturali delle vicinanze. Subito dopo, sul lato sinistro, si apre la sala "P. Diomede Scaramuzzi" per le conferenze e le riunioni.
Alle pareti sono appese ceramiche del Biancini. Intanto un invitante odorino indica al visitatore la vicinanza della cucina e dei refettori. La cucina è un locale dove i resti architettonici dei secoli convivono con la tecnologia moderna. Adiacente alla cucina, il refettorio piccolo ci riporta indietro di molti secoli: è un piccolo pezzo di bravura costruttiva con un groviglio di linee, di pilastri e di archi che fanno vivere uno dei momenti più armoniosi e sereni della visita. Tornati nel corridoio, si entra nel refettorio grande. Il portale in pietra è sormontato da un solenne stemma francescano. L'interno è arredato con grandi tavoli disposti a ferro di cavallo; le pareti sono ornate di dipinti. L'intera parete di fondo è occupata da una grande tela raffigurante l'Ultima Cena.
Subito dopo il refettorio grande si apre la sala della Fraternità. Una volta questa sala aveva il nome di canova, vale a dire dispensa, deposito di cibarie. Lungo la parete destra erano due grosse travi, debitamente sollevate da terra dove erano deposte le botti per il vino. Dalla volta pendevano pertiche dove erano appesi i salami, mentre una nicchia scavata nella parete di destra, debitamente munita di chiavistelli, custodiva una damigiana di vino pregiato. Canova era appunto il nome che alla dispensa si dava nel Medioevo. Oggi la canova è un sereno luogo di sosta, con i giornali e la TV. Serve per le riunioni di famiglia. Dalle pareti pendono quadri raffiguranti i nostri antenati, vale a dire Frati che si sono distinti per pietà e scienza. Tra questi San Padre Pio, San Francesco Antonio Fasani, P. Giocondo De Nittis, P. Luigi Lembo, P. Romualdo Ferrecchia, P. Vincenzo Mandes, Fra Vincenzo Danza da Rignano Garganico, Collettore di Terra Santa. Il lungo corridoio che costeggia l'area del Chiostro è ornato da tele che raffigurano i santi venerati in Capitanata ed episodi evangelici.